1928年9月，国民党二届五中全会在南京召开，宣布全国进入训政时期，由国民政府执行训政职责，并决定以五院制组成国民政府。
政府部门设有内政、外交、财政、交通、司法、农矿、工商等部以及军事委员会、最高法院、监察院、大学院等。
同年10月，南京国民政府公布《中华民国国民政府组织法》，规定国民政府总揽中华民国之治权，政府由行政院、立法院、司法院、考试院、监察院组成，设主席1人，委员10至12人，国民政府主席兼任陆海空军总司令。同时，任命蒋介石为国民政府主席兼陆海空军总司令。
至此，南京国民政府的政权组织形式渐趋完备。
南京国民政府采取委员制。由蒋介石、胡汉民、张静江、吴稚晖等12人为政府委员，胡汉民为政府主席，蒋介石为国民革命军总司令，吴稚晖为总司令部政治部主任。
政府各部门设有：秘书长(钮永建 )，财政部长(古应芬﹐钱新之代)，外交部长(伍朝枢)，民政部长(薛笃弼)，司法部长(王宠惠)，大学院院长(蔡元培)。
政府辖区包括江苏﹑浙江﹑安徽(一部)﹑福建﹑上海﹑南京﹑广东﹑广西等。也开始形成宁汉分裂之局面；直到8月武汉的国民党与国民政府执行分共清党，以及蒋介石在汪精卫的要求下辞去总司令之后，才宣布合作。
抗日战争结束后，重庆的临时国民政府于1946年5月5日发布“还都令”，宣布5月5日将“凯旋南京”。
1946年颁布了《中华民国宪法》，正式立宪，中国国民党一党训政时期结束，迈入宪政时期。
1947年4月，依据政治协商会议决议，作为看守政府的国民政府改组，容纳其他党派进入国民政府。当时国共内战，中共未参加政府。
1948年5月20日经国民大会选举出蒋中正为第一任中华民国总统后，组建中华民国政府（包括一府五院）。国民政府主席一职也改为总统，国民政府改制为总统府，国民政府至此走进历史。
附：国民政府和民国政府的区别
1、政府组织性质不同。
国民政府，简称国府(1925年7月1日-1948年5月20日)，是中华民国训政时期的中央政府机构与最高行政机关。
民国政府是中华民国的治权机构，其历史最早可追溯至1911年肇建于南京的中华民国临时政府，之后历经北洋政府、国民政府等多次政权替换。
2、存活时间段不同。
民国政府成立于1912年元旦，一直持续到1949年新中国成立，前后共存在37年时间；国民政府从1927年“宁汉合流”开始算起，到1949年为止，一共22年。
3、活跃派别不同。
民国政府基本都是北洋系的旧军阀，以袁世凯编练的北洋新军为主体，到后来叱咤风云、活跃政治舞台的有：段祺瑞、吴佩孚、冯国璋等；国民政府则是一些新旧军阀混乱并存，但都已新军阀为主体的政府。